ディレクトリはいつでも有効化/無効化できます。ディレクトリを無効化しても構成の詳細は残りますが、アプリケーションはそのディレクトリ内のユーザーやグループを認識しません。
ディレクトリを削除する前に、それを無効化する必要があります。ディレクトリを削除すると、データベースから詳細が削除されます。